Derzeit verteilen sich die Arbeitsbereiche auf vier verschiedene Standorte. An allen Standorten befinden sich neben den Büros der Mitarbeiter*innen eigene Fachbibliotheken, Sammlungen, Seminarräume und z. T. auch Labore.
 | Campus (Philosophicum) Jakob-Welder-Weg 18 55128 Mainz Klassische Archäologie, Klassische Philologie, Paradigma Alte Welt |
 | Innenstadt (Schönborner Hof) Schillerplatz 11 55116 Mainz Vor- und Frühgeschichtliche Archäologie |
 | Monrepos (Neuwied) Schloss Monrepos 56567 Neuwied Vor- und Frühgeschichtliche Archäologie / Archäologisches Forschungszentrum und Museum für menschliche Verhaltensevolution |
 | Münchfeld (Hegelstraße) Hegelstr. 59 55122 Mainz Ägyptologie, Altorientalische Philologie, Vorderasiatische Archäologie |